ANIIMA findet in der Psyche eines Menschen statt. Der Spieler übernimmt die Rolle eines riesigen Manta Rochens und seiner Samurai Freunde, die sich ihren Weg in das Herz der psychische erkämpfen. Auf ihrer Reise sammeln sie verlorene Seelenfragmente ein, um Zugang zu neuen Umgebungen freizuschalten.

Die fünf Samurai repräsentieren verschiedene Aspekte der menschlichen Seele. Der Spieler kann zwischen den fünf Samurai wechseln, um deren einzigartige Spezialfähigkeiten und Aktionen zu nutzen.